作为一所新建本科院校，皖西学院自升本以来，就十分注重学科建设与专业建设的协调发展，走科研兴校战略，坚持以专业建设积聚学科实力，学科建设提升专业发展内涵，努力夯实本科发展基础。学校始终坚持做精文、理基础学科，发展工、管应用学科，做强教师教育等特色学科，总体形成了“文理为基础,应用为方向，多学科协调发展”的学科格局，初步构建了省、校、系三级重点学科建设体系，目前拥有1个省级重点建设学科（人文地理学），3个校级重点建设学科（地理学、生物学、物理学），3个校级重点扶持学科（数学、化学、应用经济学），4个校级规划建设学科（教育学、哲学、中国语言文学、公共管理）。近年来，承担各类科研课题491项，其中国家自然科学基金1项，国家社会科学基金2项，全国教育科学“十一五”规划教育部重点课题1项，省部级课题35项。获得省部级以上奖励近十项，获得国家专利12项，出版学术著作、译著15部，发表学术论文3000多篇，被SCI、EI、ISTP全文收录104篇。