天津中医药大学高度重视学科建设，始终坚持以学科建设为龙头、大力发展优势、特色学科的建设方针，提升办学实力，形成办学特色。学院把学科建设作为一个系统工程，多方筹集资金，加大投入力度，使学科建设取得了丰硕成果。

中医学学科是该院最大、实力最强的学科，是省部级重点学科。为一级学科博士学位授权点，博士后科研流动站。

针灸推拿学科为国家教育部、国家中医药管理局重点学科以及天津市“重中之重”学科，是该院的特色与优势学科，在国内外享有很高的声誉。在石学敏院士率领下，在教学、科研、临床各个方面取得了丰硕成果。“实验针灸学新学科建设”获得国家级教学成果特等奖，“开辟教学新途径，培养针灸新人才”获得国家级教学成果一等奖；承担国家攀登计划、国家“七五”“八五”“十五”攻关项目、国家自然科学基金等各级科研项目86项，获科技成果74项，其中“醒脑开窍法针刺治疗中风病的临床与实验研究”获国家科技进步三等奖、天津市科技兴市突出贡献奖，“老年性痴呆异常表达基因的筛选和芯片的研制对快速老化鼠脑MTmRNA表达的影响”获中华中医药学会科技一等奖。

针灸推拿学本科专业2004年被评为中国大学本科专业第一名，2005年被列入中国大学优秀本科专业。

中医内科学是天津市“重中之重”学科。该学科在国家“973”项目首席科学家天津中医学院院长张伯礼教授带领下，先后承担国家和省部级课题40余项，获国家及省部级奖励20余项，其中“益肾化浊法治疗老年期血管性痴呆的研究”与“复方丹参方药效物质和作用机理研究”分别获得2002年、2004年国家科技进步二等奖，“中医舌诊客观化研究”获得国家科技进步三等奖。2004年4月，在国家中医药管理局组织验收的18项中医药治疗SARS的科学研究课题中，该院完成的《SARS中医证候学与中西医结合治疗研究》是唯一达到国内领先水平的研究项目。

中医妇科学是国家中医药管理局重点学科，中医儿科学、针灸推拿学、肾病为国家中医药管理局重点专科（专病）建设中心。