河海大学设有水文水资源学院、水利水电学院、港口海岸与近海工程学院、土木与交通学院、环境学院、能源与电气学院、计算机与信息学院、计算机与信息学院(常州)、机电工程学院、力学与材料学院、地球科学与工程学院、理学院、商学院、商学院(常州)、公共管理学院、法学院、外国语学院、体育系等专业院系和大禹学院（本科拔尖人才培养学院）。学校拥有1个一级学科国家重点学科（水利工程），7个二级学科国家重点学科，4个一级学科省级重点学科，9个二级学科省级重点学科；10个国家级以及省部级重点实验室，7个国家级以及省部级工程研究中心；9个博士后流动站；12个一级学科博士点，57个二级学科博士点；34个一级学科硕士点，185个二级学科硕士点；11种硕士专业学位类别，其中工程硕士专业学位涉及18个工程领域；52个本科专业。水利工程、土木工程两学科综合实力处于全国领先位置，尤其是水利工程学科总体实力最强，支撑及相关学科门类较多，水利及支撑学科人才梯队的综合实力处于国内一流地位。2011年底，在校研究生13072名，本科生19078名。