学院设热带作物技术系、园林工程与园艺技术系、旅游经贸管理系、人文科学与基础应用系、招生与就业指导办公室、成人教育教学部、科研信息处、实训培训中心等18个系部及业务机构。 建有云南省普洱市热带农业工程职业培训学校和云南省第149职业技能鉴定所，面向学生和社会开展橡胶、咖啡、茶艺师等28个工种的职业培训和鉴定。还建有设备仪器先进的云南农垦农产品质量安全检测站、茶叶清洁化生产线、茶艺室、咖啡审评室等。