我校设有基础学院、药学院、口腔医学院、卫生管理学院、公共卫生学院、护理学院、第一临床学院、第二临床学院、第三临床学院、第四临床学院、金域检验学院、继续教育学院、卫生职业技术学院、研究生学院、国际教育学院等15个二级学院，各二级学院下辖专业如下：

基础学院：生物技术、生物医学工程、信息管理与信息系统

药学院：药学

口腔医学院：口腔医学

卫生管理学院：公共事业管理、应用心理学、法学、市场营销

公共卫生学院：预防医学、食品质量与工程、统计学

护理学院：护理学

第一临床学院：临床医学、中西医临床医学

第二临床学院：临床医学、医学影像学、麻醉学、康复治疗学

第三临床学院：临床医学

金域检验学院：医学检验技术

国际教育学院：临床医学留学生

研究生学院：研究生各专业