广东药学院共设有药科学院、公共卫生学院、临床医学院、中药学院、医药商学院、医药信息工程学院、生命科学与生物制药学院、食品科学学院、护理学院、医药化工学院、医药经济学院、健康学院、研究生院、基础学院、继续教育学院、国际教育学院、外语部、人文社科部、体育部等19个二级院部。