学校现设有基础医学、临床医学、生物医学工程、中医药学、公共卫生等16个二级学院，南方医院、珠江医院、华瑞医院（广州市邮电医院）、中西医结合医院、从化第五附属医院等6所直属附属医院。另有广东省人民医院、广东省第二人民医院、广东省口腔医院等19家非直属附属医院，广州军区广州总医院和武汉总医院、南京军区南京总医院和福州总医院47家非直属临床医学院。