安徽中医药高等专科学校前身是始建于1960年的“芜湖市中医学校”。2001年，学校独立升格并于次年经教育部批准，在全国同类院校率先更名为“安徽中医药高等专科学校”。为整合卫生教育资源，壮大学校实力，2006年，市政府将芜湖市中医医院成建制划归学校作为直属附属医院；2012年，附属市牙病防治所成功创建附属口腔医院（芜湖市口腔医院）。学校现为教育部中医药职业教育教学指导委员会副主任委员单位、中华中医药学会治未病分会副主任委员单位、世界中医药学会联合会亚健康专业委员会、药膳食疗研究专业委员会副会长单位、安徽省中医药现代化研究会理事长单位。 
学校占地面积997亩，总建筑面积29.7万平方米，现有医疗系、药学系、康复保健系、护理系、口腔医学系及基础教学部、思想政治理论课教学研究部等教学系部,开办中医学、中医骨伤、针灸推拿、中药学、药学、护理、中医健康管理、中医养生保健（含中医养生旅游方向）、医学美容技术、口腔医学、口腔医学技术、康复治疗技术等31个专科专业及专业方向，全日制专科在校生近9000人。学校共有专任教师530人，其中，副高以上专业技术人员181人，具有研究生学历人员184人。
学校下辖2所直属附属医院、1个安徽中药资源研究所、1个天然药用植物园和9所非直属附属医院及稳定的实习基地120多家。学校附属中医医院（芜湖市中医医院）创立于1958年，在中医界素有“江南中医一枝花”的美誉，为“全国首批示范中医院”、“国家三级甲等中医医院”；学校附属口腔医院为二级专科医院，其前身是1956年成立的芜湖市牙病防治所，是目前皖南地区规模最大的口腔专科医院。
学校现有中央财政支持实训基地1个，中央财政支持提升专业服务产业发展能力项目2个，另有省级教学团队7个，省级高水平高职专业、特色专业、骨干专业、示范专业、专业综合改革试点项目16个，省级专业资源库1个，省级精品开放课程、MOOC项目、智慧课堂项目28门，省级示范实验（实习）实训中心、创新实验区、校企合作实践教育基地、校企共建生产性实训基地18个，省级卓越技能型人才计划、省级教学团队13项，省级教学名师、优秀教学管理工作者、教坛新秀21人。省级以上教研项目73项，省级教学成果奖28项。“十三五”期间，学校共承担了各类科学研究项目143项，其中市厅级以上科研项目69项，获得15项国家授权专利；公开发表学术论文373篇。学校主办的《现代中药研究与实践》为中国科技核心期刊，是我国中药研究领域的重要学术期刊之一。
学校办学成绩受到社会各界的充分肯定和广泛赞誉。2013年，中国科协授予学校中医药博物馆“全国科普教育基地”称号，芜湖市总工会授予学校“五一劳动奖状”；2014年，国家中医药管理局授予学校“全国中医药科技推广先进集体”称号；2015年，学校在省级示范院校建设项目验收和人才培养工作个性评估中获得“优秀”等次；2017年，学校在全省学生资助民生工程绩效评价“优秀”；2018年学校被安徽省命名为第五届爱国主义教育示范基地；同年，学校获批安徽省首批校企合作典型学校。
建校近60年来，特别是升格近20年来，学校秉承“厚德、博学、济世、日新”的校训，坚持“以人为本、尚德重技，创新服务，特色发展”的办学理念，在中医药专业建设、应用型人才培养、中医药对外交流、中医药健康产业研发以及服务地方经济和社会发展等方面，形成了独特的优势，为国家培养了5万余名中医药应用型人才。
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